A diódalézerrel végzett gyökércsatorna-kezelés során a felszíni törmelék réteg (smear layer) eltávolítása történik, valamint a dentincsatornák végeinek lezárása. A lézersugár a gyökércsatorna falába 1000 mikrométer (1mm) mélységig behatol, és az ott levő mikroorganizmusokat, valamint azok termékeit képes elpusztítani. Ennél mélyebbre a baktériumok nem hatolnak, így a lézer nemcsak a gyökércsatornát magát sterilizálja, hanem az 1000 mikron mélységű csatornafelszíni rétegből is eliminálja a kórokozókat. Ugyancsak jól képes az oldalcsatornákba, elágazásokba, ramifikációkba is behatolni, illetve azokat lezárni. A csatornában leggyakrabban előforduló hat baktériumfaj vizsgálata során mind in vivo, mind in vitro bizonyítást nyert a diódalézer kiváló baktericid hatása. Ez meghaladja a 99%-ot, vagyis jó közelítéssel a lézer sterilizálni képes a gyökércsatorna belsejét, valamint az 1 mm vastagságú csatornafalat is.
Az oszteoblasztstimuláció a lézerezés során kifejtett szoftlézerhatáson alapul. Ez mintegy a sebészi lézer mellékhatásaként jelentkezik. Az oxidatív foszforiláció, a DNS-szintézis és több más igazolt biokémiai folyamat serkentésével kifejezetten fokozza az oszteoblasztok aktivitását, csonttermelő, csontújratermelő képességét, illetve tevékenységét.
A lézerkezelés befejeztével a csatornát célszerű megtömni kalcium-hidroxiddal, majd lezárni ideiglenes tömőanyaggal, amely megakadályozza a bakteriális inváziót a szájüreg felől. Kevéssé fertőzött esetekben egy ülésben a végleges gyökértömés elkészíthető, közepesen fertőzött vagy erősen váladékozó csatornák esetén célszerű körülbelül 3 nap múlva ismételt lézerkezelést végezni. Általában a második – vagy harmadik – kezelést követően a gyökércsatorna klinikailag sterilként kezelhető, és a végleges töméssel ellátható. Az első lézeres kezelést követően azok a baktériumok, melyek mélyebben elhelyezkedve nem kaptak még a teljes pusztulásukhoz elegendő intenzitású lézerfényt (a szóródás során gyenge intenzitású fény jutott a helyszínre), a sejtmembrán-károsodásnak megfelelő reakciót mutatnak. Nem pusztulnak el, csupán károsodnak, a következő fertőtlenítő öblítés és lézeres kezelés hatása azonban kumulálódva már elegendő a teljes mértékű elpusztításukhoz.
A végleges gyökértömésre – ha egyéb sürgető tényező nem áll fenn – biztonságos módon két-három lézeres kezelés után (3 napos intervallumokkal) kerülhet sor. Extrém nehéz esetekben ennél több lézerkezelés is szükséges lehet, egyszerű esetekben pedig sokszor egy kezelés is elegendő.
A sikeres endodontiai kezelés záloga a megfelelő preparáció, a baktériumok eliminálása a csatornarendszerből, valamint a megfelelő gyökértömés. Ebben a lézereknek meghatározó szerep jutott.